Зоны санитарной охраны (ЗСО) устанавливаются для защиты водозаборных скважин от попадания в них загрязнения. В пределах зон санитарной охраны ограничиваются определенные виды хозяйственной деятельности, поэтому сокращение размеров ЗСО приносит заметный экономический эффект. Особенно это важно для первого пояса ЗСО — зоны строгой охраны, в котором запрещается любая деятельность не связанная с работой водозаборных сооружений, и который фактически выводится из использования.
Размер первого пояса ЗСО определяется в соответствии с СанПиН 2.1.4.1110-02. Для незащищённых подземных вод радиус первого пояса ЗСО определен в 50 м, а для защищённых вод — в 30 м и может быть при надлежащем гидрогеологическом обосновании и по согласованию с Роспотребнадзором сокращён. Обычно радиус первого пояса ЗСО для защищённых водоносных горизонтов сокращается до 15 м. Таким образом, размер земельного участка, отводимого под водозаборный узел, в зависимости от защищённости подземных вод может меняться от 9 соток до 1 гектара.
При обосновании защищённости подземных вод важную роль играет наличие в геологическом разрезе мощных и выдержанных по площади слоёв глин, перекрывающих водоносный горизонт. В Московской области, на большей части её территории, водоносные горизонты в известняках перекрыты толщей верхнеюрских глин, которая является региональным водоупором. Наличие этих глин обычно снимает вопрос о защищённости подземных вод, хотя в последнее время некоторые эксперты Роспотребнадзора стали требовать дополнительно, подтверждать фильтрационные свойства этих глин. С методической точки зрения это непростая задача, однако, специалисты ГК "АКВА-ХЭЛП" научились её решать.
Отсутствие верхнеюрских глин не означает автоматически недостаточную защищённость подземных вод. Необходимо тщательно проанализировать разрез отложений, перекрывающих водоносный горизонт, и рассчитать время движения загрязнения через них. Во многих случаях, достаточная защищённость водоносного горизонта может быть обоснована и это позволит сократить размер первого пояса зон санитарной охраны, даже при отсутствии в данном районе верхнеюрских глин.
Необходимость сокращения II и III поясов ЗСО возникает реже. Если на территории прилегающей к водозаборному узлу расположены какие-либо объекты, которые рассматриваются как потенциальные источники загрязнения подземных вод (для второго пояса это обычно канализационные сооружения или котельные со складом ГСМ, для третьего — промышленные объекты, кладбища и т.д.), несмотря на то, что обычно подземные воды надёжно защищены и загрязнение в них не попадает, это может стать препятствием для получения положительного заключения в органах санитарного надзора. В таких условиях бывает необходимо доказать, что загрязнение от этих объектов не может достигнуть водозаборных скважин. Для этого необходимо тщательно проанализировать геологическое строение водоносных горизонтов и водораздельных пластов и провести специальные расчёты.